Con l’uscita cinematografica di Captain America: Civil War, il titolo Marvel Heroes 2016 si arricchisce con dei nuovi contenuti dedicati al film. Queste nuove skin comprendono:
- Ant-Man
- Black Panther
- Black Widow
- Hawkeye
- Scarlet Witch
- Spider-Man
- War Machine
- Winter Soldier
Inoltre troviamo Agent 13, Falcon con il drone Redwing e uno scenario nel quale bisognerà scegliere il team.